V procesu obdelave PCBA bo skoraj vsak postopek povzročil določeno stopnjo onesnaženja PCB. Na primer, stopnja popravka bo povzročila oksidacijo plošče PCB in elektronskih komponent, stopnja varjenja bo onesnažena z oljnimi madeži iz prstnih odtisov ali ostankov toka, in stopnja popravila bo povzročila onesnaženje na PCB. Kontaminirala ga bo s prahom ali kositrnim prahom. Prisotnost teh onesnaževal ne bo vplivala le na videz PCBA, ampak tudi negativno vplivala na delovanje PCBA. Zato bo čiščenje PCBA zelo pomembno.
PCBA onesnaževala vključujejo predvsem polarna onesnaževala, nepolarna onesnaževala in onesnaževala delcev. Polarna onesnaževala so v glavnem oksidi elektronskih komponent in PCB, ostanki aktivatorja v toku in znoj operaterja. , prstni odtisi in ostanki spajkanja itd. Ta vrsta onesnaževal bo povzročila korozijo komponentnih zatičev, prav tako pa bo povzročila okvaro vezja PCB. Povzročil bo tudi Delaminacijo PCBA in konformne barve. Nepolarna onesnaževala je predvsem v tokovih. Ostanki rozina, ostanki lepila, pa tudi operacijski prstni odtisi, maščobe ali ostanke anti-oksidacije olja itd. Takšna onesnaževala bodo vplivala na prevodnost in zanesljivost PCBA, prav tako pa bodo zmanjšala učinkovitost konformne proti-barve; Onesnaževanje delcev se nanaša predvsem na prah, ostanke spajkanja in steklena vlakna, proizvedena med vrtanjem. Prisotnost takšnih onesnaževal lahko povzroči slabe električne lastnosti PCBA in povzroči kratek stik v PCBA.
